اصل مشترک همهٔ روش‌ها
استخراج DNA سه مرحله دارد: آزادسازی DNA از سلول، حذف پروتئین‌ها و مهارکننده‌ها، و بازیابی DNA سالم. لیز با دترجنت یا عوامل کائوتروپیک انجام میشود؛ سپس DNA با فاز آلی، ستون سیلیکایی یا ذرات مغناطیسی از بقیهٔ اجزا جدا می‌گردد. کیفیت این مرحله بر همهٔ آزمون‌های پایین‌دستی اثر می‌گذارد؛ DNA تخریب‌شده حتی با بهترین کیت هم نتیجهٔ قابل اتکا نمی‌دهد.
مقایسهٔ روش‌های رایج
| روش | مزیت | محدودیت |
|---|---|---|
| فنل-کلروفرم | بازده بالا و هزینهٔ کم | حلال سمی و زمان‌بر بودن |
| ستون سیلیکایی | سرعت، سهولت و تکرارپذیری | بازده محدود برای نمونه‌های پرحجم |
| ذرات مغناطیسی | قابلیت اتوماسیون و خلوص بالا | نیاز به تجهیزات و هزینهٔ کیت |
| روش نمکی | بدون حلال آلی و مناسب خون | خلوص پایین‌تر نسبت به ستون |
انتخاب کیت استخراج بر اساس نمونه
نوع نمونه تعیین‌کننده است. خون و بافت نرم با کیت‌های عمومی جواب می‌دهند، اما نمونه‌های گیاهی با پلی‌ساکارید و پلی‌فنل، خاک و مدفوع با مهارکننده‌های فراوان، و بافت پارافینه به کیت‌های تخصصی نیاز دارند. هدف پایین‌دستی هم مهم است؛ برای متاژنومیکس یا qPCR، خلوص عاری از مهارکننده مهم‌تر از بازدهٔ صرف است.
- خون و بافت تازه: کیت‌های عمومی با بازده بالا
- گیاه و قارچ: کیت‌های مخصوص حذف پلی‌ساکارید و پلی‌فنل
- خاک، مدفوع و آب: کیت‌های مقاوم به مهارکننده
- بافت پارافینه: پروتکل بازیابی قطعات کوتاه
کنترل کیفیت DNA استخراجی
نسبت جذب ۲۶۰/۲۸۰ برای DNA خالص نزدیک ۱٫۸ است و ۲۶۰/۲۳۰ پایین‌تر از حدود ۲ نشانهٔ آلودگی نمکی یا باقی‌ماندهٔ معرف است. یکپارچگی DNA با ژل آگارز بررسی میشود؛ نمونهٔ ایده‌آل یک باند واضح و بدون اسمیر است. غلظت دقیق برای کاربردهای حساس با فلورومتری سنجیده میشود.
نکات عملی آماده‌سازی نمونه
اگر آزمون پایین‌دستی شما به مهارکننده حساس است، مانند qPCR، نوع نمونه را هنگام سفارش دقیق اعلام کنید. فهرست کامل آزمونها در کاتالوگ آزمون‌های دستوا آمده است.
- نمونهٔ تازه یا فریزشدهٔ صحیح؛ پرهیز از انجماد و ذوب مکرر
- لیز کامل بافت؛ خردکردن قطعات بزرگ پیش از استخراج
- الوشن با بافر مناسب و حجم کم برای غلظت بالاتر
- نگهداری بلندمدت DNA در دمای منفی ۲۰ درجه
سفارش استخراج DNA از دستوا
در خدمات آزمایشگاهی دستوا، استخراج DNA از انواع نمونه بیولوژیک با کیت و پروتکل متناسب انجام میشود و شاخص‌های خلوص و یکپارچگی در گزارش می‌آید. برای اعلام نوع نمونه و تعداد، فرم درخواست پیش‌فاکتور را پر کنید.